Rheolir Ynys Enlli gan ymddiriedolaeth elusennol ers 1979. Ariennir yr Ymddiriedolaeth drwy danysgrifiadau aelodaeth, grantiau a rhoddion.

Gwerthwyd yr ynys gan yr Arglwydd Niwbwrch i’r Anrhydeddus Michael Pearson (Arglwydd Cowdrey) ym 1972, ac fe gyfunodd y ffermydd i greu tenantiaeth unigol.

Llwyddodd Ymddiriedolaeth Ynys Enlli i brynu’r ynys oddi wrtho ym 1979, yn dilyn apêl a arweiniwyd gan gefnogwyr brwdfrydig Enlli ar hyd a lled y DU ac a gefnogwyd hefyd gan lawer o bobl academaidd a phobl gyhoeddus yn ogystal â’r eglwys yng Nghymru. Mae’r Ymddiriedolaeth yn elusen gofrestredig.

Amcanion yr Ymddiriedolaeth yw:

• gwarchod bywyd gwyllt ac ecosystem bregus yr ynys
• annog pobl i ymweld â’r ynys fel man o harddwch naturiol a chyrchfan
• ymgymryd ag astudiaethau gwyddonol a rhaglenni addysg
• gwarchod yr adeiladau a’r safleoedd archeolegol
• amaethu er budd cynefinoedd amrywiol yr ynys

Mae Cyngor yr Ymddiriedolaeth yn cynnwys Cadeirydd ac oddeutu ugain o ymddiriedolwyr. Mae’r Cyngor yn cyfarfod chwe gwaith y flwyddyn. Mae is-bwyllgorau – y Pwyllgor Ariannol, y Pwyllgor Gwyddonol, y Pwyllgor Natur Ysbrydol, y Pwyllgor Adeiladau a’r Pwyllgor Addysg a Dehongli – yn adrodd yn ôl i’r Cyngor ac yn ei gynghori.

Gweithredir gwaith yr Ymddiriedolaeth drwy swyddfa Cyfarwyddwr yr Ymddiriedolaeth, gweithwyr stâd a staff dros dro eraill. Noddwyr yr Ymddiriedolaeth yw Bryn Terfel a Peter Greenaway.